Para quitar parcela de forma manual basta clicar com o botão direito sobre a parcela e depois clicar em Quitar parcela:
O sistema pergunta se você deseja realmente receber a parcela:
Depois pede para colocar a data do recebimento:
Agora defina se o pagamento foi feito em dinheiro, por boleto ou transferência bancária(se foi por transferência você pode marcar que foi por boleto que o sistema pergunta em qual conta foi creditado o dinheiro) :
Se você selecionar que não foi recebido por boleto o sistema já credita o valor no caixa interno da empresa:
Selecione a conta em que foi creditado o dinheiro: